早前新聞報導中國18省被秋行軍蟲入侵，在短短數月中危害甚多糧食經濟作物，讓人心驚。六月初農委會收到民眾通報，苗栗飛牛牧場疑似有秋行軍蟲，之後證實確實為秋行軍蟲，正式拉開台灣蟲蟲危機的序幕。至民國108年6月23日，農委會「秋行軍蟲災害緊急應變小組」說明，全台確定案例已有155件，已執行銷毀76件，噴藥防治71件。
而近年有機農業的推廣也讓此次蟲蟲危機防治產生一定的阻礙，申請有機驗證的農耕區，可能會因為不想噴灑農藥，喪失有機驗證資格，而造成防治的漏洞。也因此農委會新聞稿特別提及「倘有機驗證田區因配合秋行軍蟲防疫防治作業使用化學藥劑，會由驗證機構按實際作業範圍作暫時性管制，但最終不影響有機驗證資格。」
農委會的說明依據為何？經查詢可能是依據有機農業促進法第12條第3項及第15條第1項規定制定「有機農產品有機轉型期農產品驗證基準與其生產加工分裝流通及販賣過程可使用之物質」，此規定已於108年5月30日生效。
依據此規定第三部分作物下五、雜草及病蟲害管理（二）病蟲害管理，包含以耕作防治之技術（例如輪作、間作非寄主作物等。混作共榮作物。忌避植物。圍籬植物。選用非基因改造之抗病蟲害品種。利用其他捕食性動物（如雞鴨）。）、物理防治技術（例如高溫或太陽能處理，但不得於田區焚燒殘株。利用不含合成化學物質之紙袋、塑膠布及不織布袋等防護。果樹基部以麻袋、紗網包裹，防治天牛等。設置水溝及各種物理陷阱。利用有色粘蟲紙、誘蛾燈。種子以水選(鹽水、溫水等)、高溫及低溫處理。）及生物暨防治技術（例如釋放寄生性、捕食性昆蟲天敵。非基因改造生物之微生物製劑。）。
非化學性農藥的防治方式是較符合大眾的期待的有機防治方式，惟除此些病蟲害管理方式外，如涉及不得不以化學性農藥防治的情況時，亦規定有「（五）為維護公共利益，因應政府辦理整體防疫防治工作，而必須使用第二章二(一)以外之合成化學物質者，農產品經營者應事先通知驗證機構相關施作範圍、藥劑、方式等，由驗證機構判定管制範圍及管制期間，於管制期間該管制範圍內之產品不得以有機名義販售。」之處理方式。
目前由農委會發出新聞稿之內容推斷，其根據應該就是來自於上述的規定，在一般的情形中應該採取自然、友善環境的防治機制，但如果發生不得已的情形，考量公共利益下，仍應配合政府辦理防疫防治工作。在配合防治工作時，作物因噴灑農藥，必須有一段時間不能標示為有機，管制範圍與管制期間實際範圍多大、時間多長，應該是有機驗證田區農民最重視的問題，農業單位或驗證機構若能夠給予農民一些較具體的管制方式說明，應該能讓農民更願意配合政策的執行，全力配合秋行軍蟲之防治。
