前言
「生物科技」一詞係指在工程、技術、醫藥的領域中使用生物活體或生物製程(bioprocess)相關的技術，其應用的領域包括醫藥、農業、食品、環保、能源。在台灣，為配合產業發展的歷程，除了前述領域外，並將屬於生命科學產業的醫療器材產業亦列入廣義的生技產業。
本文所介紹的生技產業，著重在以應用新興生物科技如基因工程、蛋白質工程、細胞學、分子生物學、免疫學等應用於製藥、新興生技產品與醫療器材的產業。而生物科技在台灣亦被廣泛運用在農業技術改良，這個部份占了台灣生技產業相當大的產值，但其中大部份的業者為家族型企業或小型加工廠，個別資料取得比較困難，相關介紹將較為簡略，此先敘明。
產業發展歷程
一、1980年以前 – 醞釀期
台灣農業發達，在上世紀50年代開始工業化的過程中，同時培育了許多生技廠商。這些廠商主要的產品包括藥品及食品兩類，主要應用的生物技術是發酵。他們不但供應了台灣的內需，也將原料及產品外銷到日本、美國等地。
在北台灣、中台灣及南台灣具有市場地位的三大藥廠亦在此一時期創立，中國化學製藥公司創立於1952年、永信藥品工業股份有限公司創立於1965年、生達化學製藥股份有限公司創立於1967年。近年來積極拓展生技新藥領域的台灣東洋藥品工業股份有限公司亦於1960年成立。這些有數十年歷史的藥廠，也是現在台灣生技產業發展的中堅。
二、1980年~2000年 – 萌芽期
(一) 新興生技產業
台灣在1980年代快速地工業化。1984年，政府和民間共同捐助成立了「財團法人生物技術開發中心」，其目標為開發關鍵生物技術、培植延攬專業人才，以加速台灣生物科技產業的發展。
本文的新興生技產業係指應用基因工程從事產品研發及製造之產業，主要包括生物製劑(例如疫苗、血液製劑)、農業生技(例如植物、水產種苗)、特化生技(例如生技化粧品、生體高分子)、食品生技(例如健康食品)、環境生技(例如環境生物製劑)等。
此一期間發展比較好的為食品生技產業。隨著美、日高單價的健康食品進入台灣，本地的食品業者在此一時期也開始投入高端健康食品的發展。這些健康食品業者多為家族型事業，為他人代工者，業務規模不會太大；自創品牌者，以直銷為主要獲利來源，而直銷的業務型態在台灣難以上市，因此各公司的財務、業務資料並不公開。
由於健康食品產業日漸擴大，業務和行銷手法產生了一些不良影響，政府在1999年訂定了健康食品管理法以進行規範。有了法規的管理，的確達到了汰弱留強的功效。也因為此法的訂定，使得業者更重視研發和管理，建立了良好的制度，許多公司也引進了國際認證標準，而成為國外廠商重要的原料來源，這為台灣生技產業貢獻了相當的產值。
(二) 醫療器材產業
台灣的業者一向以「代工」做為切入國際市場的方法。1990年代，台灣的電子業蓬勃發展，一些具有跨產業整合能力的創業者，將電子與生技結合在一起，開發出醫療器材，以代工的方式快速切入國際市場，其中最成功的五鼎生技創立於1997年，以不到三年的時間完成上市，被許多創投業者視為生技產業的典範項目。其後也有如必翔、喬山、佳醫、雃博等醫療器材公司以生技股的類別進行上市，但這些公司技術的本質較接近機械、化工等領域，而不是以生物科技做為製造的基礎。
(三) 製藥產業
製藥產業為資本及技術密集產業，且研發期間長、回收慢、成功率低，而台灣內需市場不足以達到經濟規模，需要專業團隊開啟國際合作，在80、90年代的台灣，除了滿足本地需求的學名藥、原料藥外，尚並不具備發展新藥的條件。有些研發項目在執行一段時間之後，往往因資金後繼乏力，且缺乏國際技術授權、合作、建立銷售網絡的能力而告終。
三、2001年~現在 – 成長期
2001年以後，台灣的生技產業進入了成長期。據經濟部統計，2000年台灣生技產業總產值為新台幣1000億元，到2010年，生技產業的總產值已經達到2,286億。茲說明如下：
(一) 新興生技產業
2010年台灣新興生技產業營業額為633億，在這個新的10年中，生物製劑為此期間政府推動生技產業的重點，也得到了很好的發展，其產值占新興生技產業的34%，而食品生技產值則占28%。
生物製劑的產品範圍很廣，包括疫苗(例如國光生技、聯亞生技、基亞生技、台灣浩鼎)、蛋白質新藥(例如中裕新藥、台灣東洋)、單株抗體(例如聯亞生技)、干擾素(賽德醫藥)、生物相似性藥品(例如永昕生醫)等。
在此期間，食品生技產業發展的目標為高附加價值產品，因為新藥開發的期程較長，有些廠商將新藥研究的成果應用在健康食品的開發上，縮短了產品上市的時間，也得到了不錯的成效。在2010年，衛生署一共通過了25件健康食品的上市項目，廠商分佈類別涵蓋了食品、生技及製藥業。其中以佳格公司的6個品項最多，其次為統一企業的2個品項。認證的產品功效涵蓋了調節血脂、免疫功能、調整腸胃及護肝等類別，其中又以調節血脂的品項最多，共計有8個品項得認證。
(二) 醫療器材產業
2010年台灣醫療器材產業營業額為新台幣928億元。為生技產業中營業額最大，成長最快的次產業。台灣本地的醫療器材市場規模不大，醫療器材業的成長與出口增加有關。
醫療器材可大致分為醫院用及居家及消費型產品。台灣在發展醫療器材的產業的優勢是具有先進的光、機、電整合製造技術及普及的臨床醫學研究機構，但受限於台灣醫療產業起步較晚，而醫院用醫療器材需要長時間的認證及行銷，台灣的醫療器材產業目前仍是以居家及消費型產品為主。主要包括血糖機、試片、體溫計、電動代步車、洗腎耗材及隱形眼鏡等。
(三) 製藥產業
2010年台灣製藥產業營業額為新台幣725億元，其中90%以上為西藥製劑和中草藥，68億元為中草藥。由於台灣藥品市場規模較小，加上全民健保制度下，藥品價格偏低，影響廠商獲利。在此一背景下，台灣製藥廠商只得以開發或引進新藥以爭取較高的給付價格、推動外銷、或是直接在海外(尤其是中國大陸)設廠製造。
過去10年台灣製藥業比較大的突破在於新藥開發，目前與台灣相關藥廠在全球進入臨床試驗的新藥(包括植物新藥)已有80餘項，其中許多項目屬於國際合作開發及授權藥物，現今國際化的大門已開啟，台灣的製藥產業已進入國際競爭的新局面。
全球中草藥市場規模遠小於西藥，台灣也不例外。台灣中草藥的銷售額雖然不大，但已是亞洲地區中草藥最為發達的國家之一。在台灣，中藥製造廠商大部份均已符合GMP規範，於中藥的萃取、炮製及純化技術均已純熟，具有相當強的競爭優勢。
