專利資訊是最容易進行知識管理的「外顯知識」，營業秘密則是企業進行知識管理最想要挖掘出來的「隱性知識」。不少文章都談過企業進行智慧財產權管理時，應考量該等發明、創作的特性，決定應以營業秘密或專利的方式保護，畢竟申請專利就必須面臨公開技術內容的要求，難以再就公開的內容以營業秘密主張保護，確實應該一開始即審慎思考。顯然無論由知識管理或智慧財產權管理的角度來觀察，營業秘密至少都跟專利權是一樣重要的。但這都是從企業的角度出發思考，這倘若是同一個發明、創作，選擇營業秘密與專利的保護，對於員工有什麼樣的影響？
從法律上來看，營業秘密因為沒有向主管機關「申請」或「註冊」的程序，反而使得營業秘密法並沒有像專利法一樣，有機會「提醒」企業要給予產出營業秘密的員工特別鼓勵。
- 專利法第7條第1項規定，「受雇人於職務上所完成之發明、新型或設計，其專利申請權及專利權屬於雇用人，雇用人應支付受雇人適當之報酬。但契約另有約定者，從其約定。」而同條第4項規定，「依第一項、前項之規定，專利申請權及專利權歸屬於雇用人或出資人者，發明人、新型創作人或設計人享有姓名表示權。」
亦即，專利法「鼓勵」雇用人對於受雇人職務上所完成之發明，在薪資之外，另外支付「適當之報酬」，並且由受雇人享有專利姓名表示權，受雇人無論在職與否，都可以對外光明正大的宣稱自己是某某專利的發明人。但如果公司選擇以營業秘密保護同一個發明、創作的內容呢？
- 營業秘密法第3條第1項規定，「受雇人於職務上研究或開發之營業秘密，歸雇用人所有。但契約另有約定者，從其約定。」
意思是受雇人職務上產出的營業秘密，歸雇用人所有，沒有立法「鼓勵」因為受雇人研究或開發出來營業秘密，雇用人應給予任何財務上獎勵的訓示規定，因為營業秘密通常很「秘密」，所以，也沒有像專利姓名表示權一樣，可以讓發明人對世人展現自己在發明上的成就。所以，對受雇人而言，一項可以申請專利的研究或開發的成果，公司雖然可以選擇是否申請專利，或以營業秘密的方式保護，但尚若未處理好獎勵制度，則某程度對受雇人並不公平，就很難期待受雇人會有產出營業秘密的動力。
然而，對於公司而言，營業秘密因為不是那麼的「特定」、「明確」，很難像專利一樣，由專利專責機關認定是否應給予專利權，誰是發明人時間久了也未必那麼明確，當然無法針對公司全面性的營業秘密給予獎勵。這時候，企業倘若有推動知識管理與營業秘密管理，就有機會設計獎勵制度鼓勵員工產出「營業秘密」。
「知識管理」有助於公司同仁將隱性的知識產出成具體的文件內容，會使得營業秘密得以特定、明確，甚至可以作為一種內部「登記」或「登錄」的機制；而營業秘密管理很重要是要針對營業秘密分級，以「極機密」、「機密」、「密」三級為例，企業可以針對「極機密」、「機密」等級的營業秘密，設計適當的獎勵制度。這樣的營業秘密透過知識管理系統，甚或是企業內部的公開敘獎，又讓相關同仁可以知道是由誰或哪一個團隊貢獻，得以彰顯該等同仁對於研究、開發營業秘密的貢獻。對於「營業秘密」重於「專利」的企業，此類獎勵的制度尤其重要。
當然，並不是所有的營業秘密都可以這樣做，營業秘密各類獎勵的風險在於許多營業秘密並不像專利或著作一樣有明確的「發明人」或「作者」，可能是企業長期、跨部門的積累。但至少對於性質上可能可以選擇專利權或營業秘密保護的發明、創作，應該要在進行智慧財產權管理時，一併考量對於員工財務與非財務的獎勵機制。
