其實多數的企業在發生營業秘密案件之前，往往沒有注意過企業到底有什麼樣的營業秘密是可能受到法律保護？多數的情形都是發生問題之後，再回頭檢視在那個個案中，有什麼樣的資料或資訊是可能可以符合營業秘密法或其他法律的規範，進而選擇所要採取的法律行動。這也是為什麼有會「檢察機關辦理重大違反營業秘密法案件注意事項釋明事項表」的原因，大多數的企業可能連這個釋明事項表都沒有辦法完整的填寫。
或許不少人會覺得那就學個人資料保護法施行的時候，企業主動進行個人資料的盤點，事先盤點營業秘密，這樣就不致於到發生營業秘密侵害的案件時，沒有辦法完整地主張營業秘密的保護。營業秘密盤點困難點在於，營業秘密隨時不斷地變動、累積、發生，盤點的過程可能光是如何認定是否為營業秘密都很難有一個明確的標準，但這也是企業凝聚營業秘密保護共識的好機會，試著進行營業秘密的盤點會讓企業發現許多過去所沒有認知到的珍貴無形資產的存在。
一般進行營業秘密盤點時，姑且先不論先前應該做的教育訓練的準備，從方法上來看，如何找出企業的營業秘密，一種是橫切面，一種是縱切面，亦即，一種是由公司最重要的幾個部門，分部門進行部門內部營業秘密檔案的挖掘，每一個部門的營業秘密分別盤點與管理，涉及跨部門的營業秘密再由上一個層級負責管理，可以將企業大部分的營業秘密都找出來；另一種是以企業主要幾項產品或服務為核心，縱向地向樹根一樣找出該等產品或服務所涉及的營業秘密，以產品或服務為核心進行營業秘密的盤點與管理。
前一種方式比較容易進行，也是多數企業較可能自行執行盤點的方式，但由企業各部門自行盤點、認定，比較容易流於表面的營業秘密檔案管理，不容易發現、確認企業真正深層的營業秘密，也容易因缺乏跨部門的溝通，而致營業秘密未能妥善管理的缺點；後一種方式則需要具有企業專精領域知識人員的協助，耗費較長的時間觀察、發現、溝通，找出企業產品或服務較核心的營業秘密，在高階人員或顧問人力的投入會耗費更多的成本。
因此，一般通常建議企業在建置營業秘密管理系統的初期，可以先初步按部門進行營業秘密的盤點，執行最基礎的營業秘密認定及檔案管理的工作，其後隨著企業產品或服務愈來愈聚焦時，再自行或配合外部顧問人力，進行較深度的營業秘密盤點。但營業秘密盤點只是營業秘密管理的基礎而言，後續隨著營業秘密生命周期，還有許多管理的工作需要配合，每年檢視營業秘密盤點成果及管理工作，也是維持營業秘密生命力的重要關鍵。
